È un museo diffuso: una struttura multicentrica che da San Giovanni in Persiceto si sviluppa in più poli nei comuni di Terre d’Acqua, l'area posta tra Bologna e Modena.

Costituiscono il Museo diverse realtà: l'Area Astronomica di Persiceto, una delle più importanti d'Italia, l'orto botanico Ulisse Aldrovandi, l'area di riequilibrio ecologico denominata Bora, il Laboratorio dell'insetto (sorta di museo vivente), e il Laboratorio di storia e didattica della fisica Tecnoscienza.

Nell'area astronomico naturalistica esistono cinque strutture fondamentali: l'osservatorio astronomico, l'orto botanico, la stazione meteorologica, l'esposizione museale, e soprattutto il planetario, uno dei più completi e potenti strumenti per la divulgazione dell'astronomia. L'osservatorio astronomico comunale Giorgio Abetti, adiacente al planetario, è una struttura dotata di un bel telescopio alloggiato in una cupola di 4,5 m. La divulgazione e la didattica sono le principali funzioni dell'osservatorio. In questi anni sono stati migliaia i visitatori dell'impianto che hanno osservato il cielo attraverso l'oculare dello strumento. Nell'osservatorio è presente anche un eliostato cioè uno strumento per osservare il Sole.