位于圣彼得罗尼奥大殿东侧的Via dell' Archiginnasio是一个装饰精良的长廊。在长廊下便是宫殿所在地，这里也是博洛尼亚大学的首个正式校址，现在则是博洛尼亚市政图书馆。

         第二次世界大战的战火曾将这里炸毁，战后人们用了近半个世纪的时间进行重建，如今才得以再现荣光。大楼正面是一段由30段拱廊组成的长廊，里面可以看到中庭和大楼的两层。

         大楼里面的两座楼梯通向二楼的教室（不对参观开放）、两间艺术大教室（现在用作阅览室）和一间法学教室（现圣母悼歌厅）。

         这几间大厅的墙壁、楼梯和敞廊的拱顶绘有当时博洛尼亚大学著名学者的题词和来自世界各地的学生设计的纹章。在入口处是Santa Maria dei Bulgari礼拜堂。

         位于阿尔基金纳西奥宫二层的是世界第一个人体解剖实验室，内部装潢十分精美，俨然博物馆一般。整个教室的陈设都是用木头制成，由Antonio Levanti 主持建成于1637年。这里竖立着Ercole Lelli著名的无皮肤男性人体结构雕像。16世纪的欧洲仍处于天主教严格控制下，人体解剖这种亵渎神灵的行为是被禁止的，而博洛尼亚大学则被给与许可。这里进行的解剖实验奠定了当代医学的基础。

         在剧院的一侧墙壁上，有一名医师手持一个长条形物品，其实是一只鼻子。这里被人们认为是最早开始进行人体整形手术研究的地方。