Il Palazzo fu fatto costruire dal Cardinale Borromeo fra il 1562 e il 1563 su progetto dell'architetto Antonio Morandi detto il Terribilia come sede per le scuole dello Studio Universitario (Diritto e Arti). Fino al 1803 fu sede dell'Università e dal 1838 ospita la Biblioteca Civica.
Sede della Camera di Commercio, Industria, Agricoltura e Artigianato, Palazzo della Mercanzia regola, dalla fine del XIV secolo, le attività commerciali e mercantili di Bologna.
Voluto da Bartolomeo Ghisilardi questo palazzo rappresenta il modello paradigmatico di residenza signorile del quattrocento bolognese.
Terzo Palazzo Fava su via Manzoni, nel cuore della città antica, prende forma in età medievale, grazie alla volontà della famiglia Fava che ne entra in possesso nel 1546.
L’edificio, di origini quattocentesche, ospitava in origine i canonici della vicina Cattedrale di San Pietro. Nel XVI secolo vi fu istituito il Monte di S.Pietro (il Monte di Pietà era un'istituzione finanziaria senza scopo di lucro che erogava prestiti di limitata entità in cambio di un pegno).
