Cuore di Genus Bononiae, Palazzo Pepoli. Museo della Storia di Bologna è sede di un museo dedicato alla storia, alla cultura e alle trasformazioni di Bologna, dalla Felsina etrusca fino ai nostri giorni.

Il museo si rivolge a un pubblico vasto e differenziato: dai bolognesi che vogliono riscoprire la storia e il patrimonio culturale della loro città, ai turisti, alla scuola, agli studenti universitari, alle comunità straniere presenti sul territorio.
 
La progettazione e l’allestimento seguiti dall’architetto e designer di fama internazionale Mario Bellini e  il progetto grafico curato dall’architetto Italo Lupi, eccellenza della grafica italiana, hanno trasformato Palazzo Pepoli in un museo globale e interattivo di nuova concezione che non si sovrappone alle altre realtà museali, ma che interagisce con esse, affiancandole attraverso quattro modalità essenziali: i rimandi, affidati a postazioni video dove vengono presentati i musei esistenti in città che hanno un nesso con un determinato tema; le attività didattiche che sono svolte anche in collaborazione con diversi musei cittadini; i prestiti di opere e reperti e le collaborazioni scientifiche poste in essere con molti musei e realtà culturali bolognesi, al fine dell’arricchimento del progetto museale e della sua concreta realizzazione.

Palazzo Pepoli. Museo della Storia di Bologna racconta l’intero arco della storia della città e dei suoi abitanti a partire dagli Etruschi ad oggi, proponendo una sequenza di nuclei espositivi costruiti intorno a episodi chiave, personaggi simbolici, aneddoti e temi trasversali.
La presentazione di tali contenuti avviene mediante una combinazione di oggetti, immagini, elementi multimediali.

Il racconto è strutturato in diverse sezioni, distribuite in successione cronologica e per grandi temi:
- La città dipinta
- Torre del Tempo
- Bologna nell’antichità (sale 1-4)
- La grande stagione del Medioevo (sale 5-7 e 9-10)
- Forma Urbis (sala 8)
- Il Rinascimento dei Bentivoglio (sale 11-12)
- Bologna in scena: politica, religione e riti della vita collettiva (sale 13-16)
- Bologna La Dotta: arti, scienze, lettere, musica (sale 17-19 e 21-22)
- Spazio multimediale e Teatro virtuale
- La città delle acque (sala 20)
- Dal Settecento al Novecento (sale 23-28)
- Un tempo né troppo vicino né troppo lontano (sale 29-32)
- La città delle lingue (sale 33-34)
- Sala della cultura