Il Museo fu istituito nel 1893 per educare il cittadino ai valori della municipalità attraverso la conoscenza della storia bolognese, dalla Rivoluzione francese sino alla fine della Prima Guerra Mondiale. Dal 1990, l'esposizione è stata trasferita e riallestita nella Casa Carducci , a piano terra, seguendo criteri scientificamente aggiornati e riservando una sala a mostre temporanee che, attraverso la presentazione di un percorso su soggetti inconsueti o poco noti della nostra storia, hanno lo scopo di fare conoscere ai visitatori i numerosi materiali conservati nei magazzini e di riavvicinarli, in modo meno serioso, alla nostra storia recente. L'allestimento attuale, realizzato nel 1990, con particolare riferimento alle vicende della città, affronta l'arco cronologico che va dall'arrivo delle armi francesi a Bologna nel 1796 alla conclusione della Prima Guerra Mondiale nel 1918. Le testimonianze dell'epopea risorgimentale sono state ricollocate all'interno della storia complessiva di Bologna, vista non più esclusivamente dal punto di vista militare ed eroico, ma come parte integrante della vita civile, nei suoi aspetti culturali, sociali, politici ed economici.

L'esposizione è articolata in cinque aree tematiche:
L'età Napoleonica (1796-1814)- ricostruzione dell'"albero della libertà", mitria e pastorale di bronzo che vennero posti alla statua di Gregorio XIII sul Palazzo Comunale per trasformarla in S. Petronio, coppia di doppiette appartenute a G. Murat (1804) re di Napoli e cognato di Napoleone, spadino da caccia, scimitarra, pistole, Uniforme della Guardia Nazionale di Bologna, giacca di gala, abito da dignitario, divise massoniche.
La Restaurazione (1815-1848) - documenti relativi alla Carboneria e ai moti del 1831 e del 1848, armi bianche e da fuoco, tela dei "Moti di Savigno" di F. Fontana.
L'Epopea Risorgimentale (1848-1860) - materiale della Guardia Civica, 21 oli su cartoncino di F. Joli rappresentanti uniformi del battaglione bolognese Bignami, armi, stampe, cimeli, uniformi, materiali su Ugo Bassi, il quadro "Cacciata degli austriaci" di A. Muzzi.
L'Italia Unita (1861-1914) - Materiale su Garibaldi e garibaldini, plastico dell'Esposizione Emiliana del 1888, gessi di F. Biavati rappresentanti Porta S. Isaia e P. Maggiore (1904).
Bologna in guerra (1915-1918) - Materiali relativi alla prima guerra mondiale (cimeli, ventoline patriottiche, maschere antigas, mitragliatrice d'aereo, ecc.). Sono inoltre esposti dipinti, armi, uniformi, bandiere, oggetti appartenenti alla storia nazionale in genere, ma anche giornali, manifesti, stampe ed opuscoli. Notevole è anche la collezione di quadri e fotografie raffiguranti immagini ed episodi della storia risorgimentale italiana e bolognese.

Al primo piano si trovano le memorie e l'appartamento, rimasto pressoché intatto, del poeta Giosuè Carducci. Numerosi particolari e curiosità ricreano l'atmosfera dell'abitazione borghese di fine ottocento: i soffitti dipinti con motivi floreali, i pavimenti alla veneziana, le carte da parati decorate a mano, i baldacchini degli usci, le stores, la rete dei campanelli muniti di tiranti, i caminetti in ceramica ed in terracotta sostituiti, nel 1906, da uno dei primi impianti di termosifone. Nella camera da letto di Carducci, un piccolo lavandino di granito in funzione solo dal 1901; nella sala da pranzo, sull'elegante tavolo tondo circondato da sedie Vienna intrecciate in canna d'India, la lumiera, che prima di conoscere la luce elettrica, andò, via a via, a petrolio ed a gas. Sono inoltre presenti i ritratti dei grandi cari allo scrittore e dei protagonisti della vicenda culturale e politica dell'Ottocento con cui egli intrattenne rapporti di scrittura e amicizia. Notevoli gli esempi di iconografia carducciana (busti e ritratti, fotografie). Colpiscono l'attenzione del visitatore alcuni cimeli come, nella sala da pranzo, il grande orologio fermo sull'ora della morte dello scrittore o, nello studio, il frammento incorniciato della tunica di Petrarca e, dietro lo scrittoio in stile "Impero", la famosa poltrona che accolse Garibaldi nella convalescenza dopo la ferita d'Aspromonte. La libreria comprende circa 40.000 testi, fra volumi, opuscoli, estratti, fascicoli di periodici, ritagli, documenti, e stampa di varia tipologia, dal Carducci stesso meticolosamente censiti, catalogati e ordinati in sobrie scansie in abete e noce che occupano sei sale dell'appartamento; il ricco epistolario carducciano; 16.000 volumi di letteratura carducciana; autografi e fotografie.